Після першого подвигу Еврісфей послав Геракла вбити лернейську гідру. Це була потвора з тілом змії і дев'ятьма головами дракона. Як і немейський лев, гідра була породжена Тіфоном і Єхидною. Жила гідра в болоті міста Лерни і, виповзаючи з свого лігвища, нищила цілі стада і спустошувала всі околиці. Боротьба з дев'ятиголовою гідрою була небезпечна, тому що одна з голів її була безсмертна. Вирушив у дорогу до Лерни Геракл з сином Іфікла Іолаєм. Прибувши до болота біля міста Лерни, Геракл залишив Іолая з колісницею в ближчому гаї, а сам пішов шукати гідру. Він знайшов її в оточеній болотом печері. Розпікши до червоного жару свої стріли, почав Геракл пускати їх одну за одною в гідру. Розлютували гідру стріли Геракла. Вона виповзла, звиваючись покритим блискучою лускою тілом, з пітьми печери, грізно піднялася на своєму величезному хвості і хотіла вже кинутись на героя, але наступив їй син Зевса ногою на тулуб і притис до землі. Своїм хвостом гідра обвилась навколо ніг Геракла і силкувалася звалити його. Як непохитна скеля, стояв герой і помахами своєї важкої палиці одну за одною збивав голови гідри. Мов вихор, свистіла в повітрі палиця; злітали голови гідри, але гідра все-таки була жива. Тут Геракл помітив, що в гідри на місці кожної збитої голови виростають дві нові. Прийшла й допомога гідрі. З болота виповз потворний рак і впився своїми клішнями в ногу Геракла. Тоді герой покликав на допомогу свого друга Іолая. Іолай убив потворного рака, запалив частину ближчого гаю і горілими стовбурами дерев припікав гідрі шиї, з яких Геракл збивав своєю палицею голови. Нові голови перестали виростати в гідри. Дедалі слабше опиралася вона синові Зевса.

Нарешті й безсмертна голова злетіла в гідри. Потворна гідра була переможена і впала мертвою на землю. Глибоко закопав її безсмертну голову переможець Геракл і навалив на неї величезну скелю, щоб не могла вона знову вийти на світ. Потім великий герой розтяв тіло гідри і занурив в її отруйну жовч свої стріли. З того часу рани від стріл Геракла стали невигойними. З великим тріумфом повернувся Геракл у Тірінф. Але там чекало його вже нове доручення Еврісфея.