Найважчим подвигом Геракла на службі в Еврісфея був його останній, дванадцятий, подвиг. Він повинен був піти до великого титана Атласа, який держить на плечах небозвід, і дістати з його садів, за якими доглядають дочки Атласа, Гесперіди, троє золотих яблук. Яблука ці росли на золотому дереві, вирощеному богинею землі Геєю як подарунок великій Гері в день її весілля з Зевсом. Щоб вчинити цей подвиг, треба було насамперед дізнатися про шляхи до садів Гесперід, що охоронялися драконом, який ніколи не склепляв очей своїх сном.
Ніхто не знав шляху до Гесперід і Атласа. Довго блукав Геракл по Азії і Європі, пройшов він і всі країни, які проходив раніше по дорозі по корови Геріона; всюди Геракл розпитував про шлях, але ніхто не знав його. У своїх шуканнях зайшов він на крайню північ, до ріки Ерідану, що вічно котить свої бурхливі безмежні води. На берегах Ерідану з пошаною зустріли великого сина Зевса прекрасні німфи і дали йому пораду, як знайти шлях до садів Гесперід. Геракл повинен був напасти несподівано на морського віщого старця Не-рея, коли той вийде на берег з морської пучини, і дізнатись від нього шлях до Гесперід; крім Нерея, ніхто не знав цього шляху. Геракл довго шукав Нерея. Нарешті, вдалося йому знайти Нерея на березі моря. Геракл напав на морського бога. Важка була боротьба з морським богом. Щоб визволитися з залізних обіймів Геракла, Нерей набирав різних образів, але все ж не випускав його герой. Нарешті, він зв'язав стомленого Нерея, і морському богові довелося, щоб вернутися на волю, відкрити Гераклові таємницю шляху до садів Гесперід. Дізнавшись про цю таємницю, син Зевса відпустив морського старця і вирушив у далеку путь.
Знову довелось йому йти через Лівію. Тут зустрів він велетня Антея, сина Посейдона, бога морів, і богині землі Геї, яка його породила, вигодувала і виховала. Антей примушував усіх подорожніх боротися з ним і всіх, кого перемагав в боротьбі, немилосердно вбивав. Велетень зажадав, щоб і Геракл боровся з ним. Ніхто не міг перемогти Антея в єдиноборстві, не знавши таємниці. А таємниця була така: коли Антей почував, що починає втрачати силу, вік доторкався до землі, своєї матері, і поновлювались його сили; він черпав їх у своєї матері, великої богині землі. Але треба було тільки відірвати Антея від землі і підняти його в повітря, як зникали його сили. Довго боровся Геракл з Антеєм, кілька разів він валив його на землю, але тільки прибавлялося сили в Антея. Раптом під час боротьби підняв могутній Геракл Антея високо в повітря, виснажились сили в сина Геї, і Геракл задушив його.
Далі пішов Геракл і прийшов у Єгипет. Там, стомлений довгою дорогою, заснув він у затінку невеликого гаю на березі Нілу. Побачив сплячого Геракла цар Єгипту, син Посейдона і дочки Епафа Лісіанасси, Бусіріс, і звелів зв'язати сплячого героя. Він хотів принести Геракла в жертву батькові його Зевсу. Дев'ять років був неврожай в Єгипті; провістив прибулий з Кіпру віщун Фрасій, що припиниться неврожай тільки тоді, якщо буде Бусіріс щороку приносити в жертву Зевсові чужоземця. Бусіріс наказав схопити провісника Фрасія і першого приніс його в жертву. З того часу жорстокий цар приносив у жертву громовержцеві всіх чужоземців, які приходили в Єгипет. Привели до жертовника і Геракла, але розірвав великий герой мотузки, якими він був зв'язаний, і вбив біля жертовника самого Бусіріса і сина його Амфідаманта. Так був покараний жорстокий цар Єгипту.
Багато ще довелося зустріти Гераклові на своєму шляху небезпек, поки дійшов він до краю землі, де стояв великий титан Атлас. З подивом дивився герой на могутнього титана, який тримав на своїх широких плечах увесь небозвід.
— О великий титане Атлас! — звернувся до нього Геракл, — я син Зевса, Геракл. Мене прислав до тебе Еврісфей, цар багатих золотом Мікен. Еврісфей звелів мені дістати в тебе троє золотих яблук із золотого дерева в садах Гесперід.
— Я дам тобі троє яблук, сину Зевса, — відповів Атлас, — а ти, поки я ходитиму по них, повинен стати на моє місце і тримати на плечах своїх небозвід.
Геракл погодився. Він став на місце Атласа. Неймовірний тягар спустився на плечі Зевсового сина. Він напружив усі свої сили і вдержав небозвід. Страшенно давив тягар на могутні плечі Геракла. Він зігнувся під тягарем неба, його м'язи здулися, мов гори, піт укрив усе його тіло від напруження, але нелюдські сили і допомога богині Афіни дали йому змогу тримати небозвід, поки вернувся Атлас з трьома золотими яблуками. Повернувшись, Атлас сказав героєві:
— Ось троє яблук, Геракл; якщо хочеш, я сам віднесу їх у Мікени, а ти потримай до мого повернення небозвід; потім я стану на твоє місце.
Геракл зрозумів хитрість Атласа, він зрозумів, що хоче титан зовсім позбутись своєї тяжкої праці, і на хитрощі відповів хитрощами.
— Добре, Атласе, я згоден! — відповів Геракл. — Тільки дозволь мені перше зробити собі подушку, я покладу її на плечі, щоб не давив їх так жахливо небозвід.
Атлас став знову на своєму місці і звалив на плечі тягар неба. А Геракл підняв лук свій і сагайдак із стрілами, взяв свою палицю й золоті яблука і сказав:
— Прощай, Атласе! Я держав небозвід, поки ти ходив по яблука Гесперід, а вічно нести на плечах своїх увесь тягар неба я не хочу.
З цими словами Геракл пішов від титана, і знов довелось Атласові тримати, як і раніш, на могутніх плечах своїх небозвід. А Геракл повернувся до Еврісфея і віддав йому золоті яблука. Еврісфей подарував їх Гераклові, а він подарував яблука своїй покровительці, великій дочці Зевсовій Афіні Палладі. Афіна повернула яблука Гесперідам, щоб вічно залишалися вони в їх садах.
Після свого дванадцятого подвигу Геракл звільнився від служби в Еврісфея. Тепер він міг повернутися до семибрамних Фів. Але недовго залишався там син Зевса. Чекали його нові подвиги. Він віддав дружину свою Мегару за дружину другові своєму Іолаєві, а сам пішов знову у Тірінф.
Але не самі перемоги чекали його, чекали Геракла і тяжкі біди, бо, як і раніше, переслідувала його велика богиня Гера.